BioDocAnalyze (BDA) software

Gel analiza u par koraka

"BioDocAnalyze" (BDA) software je moćan programski paket za slikanje i analize i podržava razne modele kamera. Softver pruža analizu uzoraka gelova sa elektroforeza i blotova sa visokim rezultatima za malo utrošenog vremena.

Softver se može koristiti za fluorescentne, kolorimetrijske i hemiluminiscentne aplikacije i radi sa tipičnim formatima poput JPG, TIF, i BMP. Gel slike se mogu direktno prebaciti iz prozora za akviziciju gelova BDAdigital ili BDA live softvera u prozor softvera za analizu. Takodje, u softver se mogu importovati i slike koje su čija akvizicija bila u nekim drugim softverskim rešenjima.
"User - friendly" interfejs pruža efikasnu analizu i generiše tačne proračune traka. Sve bitne funkcije softvera su predstavljene ikonama. Kvantifikacija uzoraka se radi jednim klikom tastera miša.

Karakteristike:
Automatsko prepoznavanje redova i traka
Sabiranje, brisanje i separacija linija i traka
Optimizacija parametara detekcije
Razni izbori za podešavanje pozadine
Automatsko proračunavanje za veličinu/MW, masu, RF
Tabelarni prikaz rezultata
Kompenzacija distorzije i "osmeha"
Funkcije veličavanja, invertovanja i pseudo-boja
Dodavanje komentara i strelica do redova i traka i same slike gela
Providnost i spajanje slika gelova
Simultani prokaz profila intenziteta za nekoliko redova

Softver za analizu ima samo-objašnjiv izgled i može se lako koristiti bez posebne obuke. Jasne ikone sa prikazanim kratkim objašnjenjem i kratkim instrukcijama pomažu u svakom koraku analize. Automatsko pretraživanje linija i traka se direktno startuje nakon definisanja površine od interesa na gel slici. Ako je potrebno, moguće je podesiti parametre osetljivosti detekcije linija i traka. Novi rezultati se odmah prikazuju na gelu. Detektovane trake se ne samo markiraju i uokvire već se i grafički lepše predstave. Ova jedinstvena BDA softverska fukcija pruža brzu vizualnu potvrdu za tačne detekcije. Alternativno automatskom detektovanju traka postoji i manualna detekcija.

Veličine traka i masa se automatski izračunavaju kada se unose marker vrednosti. Svi rezultati mogu biti prikazani kako na gel slikama tako i tabelarno. U tabeli mogu da se sačuvaju u MS Excel formatu. Za potrebe ilustrovanja postoje komentari i strelice koje se mogu dodati u gel slici. "Legenda" pruža izbor parametara koji c?e biti prikazan ili štampati.

Analizirani gelovi se snimaju u Biometrinom formatu za zapis fajlova - BD1 koji pruža čuvanje slike zajedno sa primenjenim parametrima za detekciju. Za eksportovanje slika gela koristi se drugi softver preko "Clipboard-a" ili se može koristiti komanda za snimanje dokumenta kao TIF, JPG ili BMP slika.

"Similarity Analysis" - modul nadogradnje
"BioDocAnalyze" softver se može nadograditi sa modulom "Similarity Analysis" za upoređivanje obrazaca fragmenta. Ovaj modul pruža brz uvid u sličnost traka. Može se koristiti za klaster i RFLP analizu. Efekat koeficijenta, osetljivost i uticaj pojedinih traka, rangiranje sličnosti se mogu uraditi jednim klikom tastera miša.

The "merging" funkcija je posebno od pomoći za analizu hemiluminiscentnih blotova: Različite slike ili okviri i slike se mogu preklapati, pomerati i spajati. Ovo omogućava npr. da se marker urađen belom svetlosti kombinuje sa slikama nastalim hemiluminiscentnim blotom.

Karakteristike:
Analiza sličnosti prema RF ili molekularnoj težini traka
Analiza klastera (UPGMA, "Neighbour Joining")
Sličnost i rastojanje matrica
0/1 matrice
Referentne trake, lista traka
Koeficijenti korelacije "Pearsona", "Dice", "Jaccard", "Cosine", preklapanje
Eksportovanje, štampanje tabela i dendrograma